Voor het produceren van biodiesel zijn helaas chemicaliën nodig, maar heb verbruik en het impact op het milieu kan tot een minimum worden beperkt als men de gebruikte chemicaliën en rest stoffen hergebruikt. Dit geld met name voor de ethanol. Welke na verwerking met de algenolie glycerine oplevert. Dit kan echter weer gezuiverd worden tot ethanol om weer gebruikt te worden in het proces. Een alternatief is een om een deel van de glycerine te verbranden ten behoeve van energie en/of warmte opwekking. Tevens zal het transport (voor de aan en afvoer) enorm toenemen, de uitstoot daarvan kan wel beperkt worden door de vrachtwagens/busjes en auto's op biodiesel te laten rijden. Hetgeen wat echter meest gebruikt gaat worden is water, voor zowel de kweek van de algen als de zuivering van de biodiesel. Maar doordat de bassins als drinkwaterzuivering gebruikt worden en er een kleine waterzuiveringsinstallatie/opslag aan de kweek fabriek te koppelen zal er weinig tot geen afvalwater ontstaan welke geloosd dient te worden.

Kortom, in een ideale wereld kan er zonder schade aan het milieu worden geproduceerd. Alleen dit is geen ideale wereld, maar door bewust om te gaan met de concepten is de impact op het milieu minimaal en zijn de voordelen veel groter dan de nadelen.